
Kini Marquez mengoleksi tujuh gelar juara dunia MotoGP, sejajar dengan Valentino Rossi, dan hanya terpaut satu dari rekor Giacomo Agostini (8 kali). Ia juga menjadi pembalap pertama yang kembali meraih gelar enam tahun setelah titel terakhirnya.
Di Motegi, Marquez memulai dari posisi ketiga. Setelah 10 lap berada di belakang Pedro Acosta (KTM), ia berhasil naik ke posisi kedua. Namun, Bagnaia yang start dari pole sudah unggul lebih dari tiga detik. Meski sempat muncul asap dari motor Bagnaia di lap terakhir, ia tetap mampu mempertahankan keunggulan dan finis sebagai pemenang.
Marquez finis kedua dengan selisih 4,196 detik, cukup untuk memastikan gelar juara dunia 2025. Joan Mir melengkapi podium dengan finis ketiga untuk Honda, menjadi hasil terbaiknya musim ini.
Di belakang mereka, Marco Bezzecchi (Aprilia) menutup balapan di posisi keempat, disusul Franco Morbidelli (VR46) di posisi kelima.

Alex Marquez (Gresini) berada di urutan keenam, sementara Raul Fernandez (Trackhouse), Fabio Quartararo (Yamaha), Johann Zarco (LCR), dan Fermin Aldeguer (Gresini) masuk 10 besar.
Poin juga diraih oleh Enea Bastianini dan Brad Binder (KTM), Fabio Di Giannantonio (VR46), Miguel Oliveira (Pramac), serta Somkiat Chantra (LCR).