Kesamaan penting lainnya terletak pada sistem pengereman Front Brake Pro+ yang telah dihomologasi untuk penggunaan jalan raya. Sistem ini mengandalkan dua cakram Brembo T-Drive berdiameter 338,5 mm dengan ketebalan 6,2 mm, dipadukan dengan kaliper Brembo GP4 Sport Production.
Ducati menyebutkan bahwa sistem pengereman ini juga digunakan oleh para pembalap pabrikan dalam ajang Race of Champions 2024 dan berasal dari teknologi yang sama dengan motor balap World Superbike.
Ducati juga menjelaskan silinder master rem depan menggunakan MCS 19.21 dengan penyesuaian posisi tuas jarak jauh, seperti halnya pada MotoGP dan Superbike.
Dari sektor mesin, Panigale V4 Marquez mengusung Desmosedici Stradale 1.103 cc yang telah disempurnakan. Tenaganya meningkat menjadi 218,5 hp pada 13.500 rpm, lebih besar dibandingkan Panigale V4 S standar yang menghasilkan 216 hp. Peningkatan ini diperoleh berkat penggunaan knalpot Akrapovič dengan setelan mesin khusus, sekaligus memangkas bobot motor hingga 2,5 kg.
Bobot keseluruhan juga semakin ringan dengan hadirnya velg serat karbon lima palang yang mampu mengurangi bobot sebesar 0,95 kg dibandingkan velg tempa milik Panigale V4 S.
Sebagai motor edisi spesial, Ducati menyematkan berbagai perlengkapan eksklusif seperti kit kopling kering, pijakan kaki aluminium billet yang dapat disetel, serta modul GPS.
